АФИ в целом делятся на два типа — синтетические и натуральные. Синтетические АФИ далее классифицируются на инновационные и общие синтетические АФИ в зависимости от типа используемого синтеза. Синтетические химические АФИ, также известные как малые молекулы, составляют большую часть фармацевтического рынка, и многие низкомолекулярные препараты коммерчески доступны на рынке. Натуральные АФИ используются в производстве биопрепаратов, которые все чаще становятся самыми продаваемыми препаратами на рынке. Несмотря на растущий спрос, биопрепараты в настоящее время значительно меньше по сравнению с низкомолекулярными препаратами. В зависимости от растворимости АФИ подразделяются на нерастворимые и растворимые препараты.